Setelah situasi membaik, Elkan Baggott melakukan debut untuk tim nasional senior pada 16 November 2021 dalam pertandingan persahabatan melawan Afghanistan, bermain selama 68 menit sebelum digantikan karena cedera kepala. 

Debut kompetitifnya bersama tim senior terjadi pada 12 Desember 2021 saat melawan Laos di Kejuaraan AFF, di mana Indonesia menang 5–1. 

Elkan Baggott mencetak gol internasional pertamanya pada 19 Desember 2021 dalam kemenangan 4–1 melawan Malaysia.

Pada Juni 2022, Elkan Baggott berperan penting dalam membantu Indonesia lolos ke Piala Asia 2023 dengan tampil dalam semua pertandingan kualifikasi dan mencetak gol keduanya untuk tim nasional dalam kemenangan 7–0 atas Nepal. 

Pada Januari 2024, Elkan Baggott masuk dalam skuad final untuk Piala Asia 2023 di Qatar. 

Elkan Baggott tampil dalam dua pertandingan fase grup, termasuk saat Indonesia kalah 4–0 dari Australia, di mana ia mencetak gol bunuh diri. 

Namun, sejak pertandingan melawan Australia di babak 16 besar Piala Asia 2023, Elkan Baggott belum kembali memperkuat Timnas Indonesia.

Elkan Baggott absen selama hampir 400 hari, dan terakhir kali membela Timnas Indonesia adalah pada pertandingan tersebut.

Pada Maret 2024, Elkan Baggott mengalami cedera betis yang membuatnya absen dalam dua pertandingan Kualifikasi Piala Dunia 2026 melawan Vietnam.