Dengan adanya dua tim ini, Asprov PSSI Kaltim memutuskan untuk mengadakan kompetisi terbatas antara keduanya guna menentukan wakil Kaltim di putaran nasional Liga 4.

Pertandingan antara Kartanegara FC dan Balikpapan United berlangsung dalam format empat laga yang digelar dalam dua hari.

Dalam kompetisi regional tersebut, Kartanegara FC menunjukkan dominasi dengan memenangkan empat pertandingan melawan Balikpapan United, yang menjadi satu-satunya pesaing di zona tersebut. 

Kemenangan ini memastikan mereka sebagai wakil Kalimantan Timur di babak 64 besar Liga 4 Nasional.

Setelah menjuarai Liga 4 Zona Kalimantan Timur, Kartanegara FC melangkah ke putaran nasional Liga 4, yang dimulai pada 21 April 2025. 

Di babak 64 besar Liga 4 Nasional, Kartanegara FC tergabung dalam Grup K bersama ASIOP FC, Persikoba Kota Batu, dan KMP Bumara FC.

Kartanegara FC telah melakoni pertandingan perdana mereka melawan ASIOP FC pada Selasa, (22/04/2025), di Stadion Gelora Brantas, Kota Batu.