Tim dengan peringkat teratas yakni Grup X dan Grup Y akan melaju ke final untuk memperebutkan gelar juara Liga Nusantara 2024/2025. 

Kedua tim finalis dari Grup X dan Grup Y otomatis promosi ke kompetisi Liga 2 musim depan.

Sedangkan tim yang berada di posisi kedua tiap grup akan bertanding memperebutkan peringkat ketiga. 

Tim yang berhasil finish di peringkat ketiga tersebut juga berhak promosi ke Liga 2 musim berikutnya. 

Selain itu, bagi tim yang tidak berhasil di babak enam besar, mereka yang berada di posisi ketiga hingga kelima di masing-masing Grup X dan Grup Y akan mengikuti babak play-off degradasi. 

Hasil dari babak ini akan menentukan tim yang terdegradasi ke Liga 4, sementara tim yang bertahan di peringkat pertama dan kedua di play-off degradasi akan tetap berada di Liga Nusantara musim berikutnya.

Dua tim teratas di masing-masing grup akan bertahan di Liga Nusantara musim 2025-2026, sementara tim yang menempati peringkat 3 hingga 5 di tiap grup akan terdegradasi ke Liga 4 musim berikutnya.

Sementara itu, Persiba Balikpapan akan kembali melakoni pertandingan lanjutan babak enam besar Liga Nusantara 2024/2025 menghadapi Sumut United FC pada (15/2/2025) di Stadion Sultan Agung pukul 16:00 WITA. (fun)