Upaya tersebut termasuk pergantian kepemilikan klub pada November 2023, di mana Mohammad Rafil Perdana mengambil alih manajemen dengan target membawa Persiba Balikpapan kembali ke Liga 1. 

Pada musim 2024/2025, Persiba Balikpapan berlaga di Liga Nusantara (Liga 3) dengan harapan dapat promosi ke Liga 2. 

Persiba Balikpapan berhasil lolos ke babak enam besar setelah mengalahkan Persekabpas Pasuruan dengan skor 3-2 pada Januari 2025. 

Kemenangan ini menempatkan Persiba Balikpapan sebagai juara Grup B dengan 25 poin, membuka peluang untuk kembali ke Liga 2 musim depan. 

Sementara itu, Persiba Balikpapan akan melanjutkan perjuangannya di babak enam besar Liga Nusantara 2024/2025 dengan menghadapi Sumut United FC pada 15 Februari 2025 di Stadion Sultan Agung, Bantul. 

Pertandingan ini menjadi kesempatan bagi Persiba Balikpapan untuk memperkuat posisinya di Grup Y setelah meraih kemenangan dramatis 2-1 atas Sumut United FC pada pertandingan sebelumnya di Stadion Batakan, Balikpapan. (fun)