Namun, perjalanan Indonesia saat melawan Jepang tidak selalu mulus.
Kekalahan terbesar Indonesia dari Jepang terjadi pada (10/8/1976), ketika Indonesia harus menelan pil pahit dengan skor 6-0 dalam ajang Turnamen Merdeka.
Pada (31/5/1979), Indonesia juga harus menelan kekalahan 0-4 di Japan Cup.
Kekalahan ini menjadi salah satu catatan kelam yang terus diingat sampai sekarang.
Pertemuan terakhir antara kedua tim terjadi pada (24/1/2024), di mana Indonesia kalah 1-3 dalam ajang Piala Asia 2023.
Saat ini, Indonesia bersiap untuk menghadapi Jepang lagi dalam lanjutan Kualifikasi Piala Dunia 2026 Zona Asia Putaran Ketiga Grub C, yang dijadwalkan pada (15/11/2024) di Stadion Gelora Bung Karno, Jakarta.
